sequences（sequence数学意思）

何谓“基因组编辑”？（双语参考）[给你小心心]

基因组编辑（Genome Editing）又称基因组工程、基因编辑，是基因工程的一种，指在活体基因组中进行DNA插入、删除、修改或替换的一项技术。基因组编辑与早期的基因工程技术的不同之处在于：后者在宿主的基因组中进行随机插入基因物质，而前者则是在特定位置插入基因片段。

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Genome editing, or genome engineering, or gene editing, is a type of genetic engineering in which DNA is inserted, deleted, modified or replaced in the genome of a living organism. Unlike early genetic engineering techniques that randomly inserts genetic material into a host genome, genome editing targets the insertions to site specific locations.

Genetic engineering as method of introducing new genetic elements into organisms has been around since the 1970s.>

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给出这个级别的考核大纲，供备考的同学参考。

⇒Operations>

抑制miRNA 功能的反义寡核苷酸制备：

本方案用于设计特异性抑制细胞内miRNA 功能的反义寡核昔酸（ASO ) 。2′-O－ 甲基化修饰的反义寡核苷酸（ ASO ) 可以增加其有效性和抗降解能力， 然而3’端胆固醇修饰可以促进ASO 进入细胞内。

设备

连接互联网的计算机

方法

1 从miRBase ( 网页链接. uk/sequences ) 下载目标miRNA 序列。

2. 根据Watson- Crick 碱基配对原则和miRNA 序列，设计反义miRNA 序列。

3. 在反义miRNA 两端加入5 个任意碱基（如5′-UCUUA－反义mRNA 序列－accuu-3 ‘ )，从而设计ASO 序列。

4 用mFold 默认设置(http ://mfold. bioinfo.rpi. edu/cgi-bin/ma-form 1-2.3 . cgi ) 检测ASO序列可能的二级结构。如果ASO 序列可以形成稳定的二级结构，则改变侧链序列并重复步骤4 。

5 进行Blast 分析 。如果mRNA 与侧链序列以及靶序列中13 个以上的碱基

互补，则重复步骤3 ～步骤5 。

6 设计对照寡核苷酸。所有的实验必须包含与实验组ASO 具有相同侧链序列和相同长度的错配序列 ( mismatched ) 对照和/或无关寡核苷酸对照。错配对照是指ASO 与目标miRNA 间至少存在4 个等距离的嘌呤－嘌呤错配。无关对照是指来自其他物种非同源的反义引物序列或随意序列组成的ASO 。如步骤4 和步骤5所述，所有对照寡核苷酸应仔细检查可能的二级结构及其与mRNA 的互补性。通过改变寡核苷酸序列的碱基可以尽量减少二级结构的存在及其与mRNA 的互补性。

7 从寡核苷酸合成公司获得2′- O－甲基修饰的ASO 序列。

论文的阅读与理解问题

张曙光列出的论文，Non-full-length Water-Soluble CXCR4QTY and CCR5QTY Chemokine Receptors: Implication for Overlooked Truncated but Functional Membrane Receptors，很容易搜到，我这里列出论文摘要，

It was posited that functionalities of GPCRs require full-length sequences that are negated by residue deletions. Here we report that significantly truncated nfCCR5QTY and nfCXCR4QTY still bind native ligands.

中文意思是说通常认为GPCR功能需要全链，但是这里我们的研究表明短链也可以实现。

所以，我可以理解为什么张曙光说他们的研究支持裴钢的论文结论，因为这篇论文的结论就是这样。

我不理解的是，明明这篇论文的结论是这么说的，饶毅拿其中一个图来说这篇论文的结论证伪裴钢论文，饶毅读不懂这篇论文的结论吗？还是故意不提这篇论文的结论，拿其中一个图的解读来为自己开脱？

当然，还有一个可能就是论文作者自己不知道自己的论文前后矛盾，自己的图表完全不支持自己的结论。我觉得这个可能性不是很大。cell这个刊物是世界一流杂志，它的子刊也不是饶毅声称的那样完全不入流，作者自己的实验否定自己结论的图表出现在论文里的可能性应该很小。饶毅误读或者刻意歪曲解读的可能性更大。

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They say that practice makes perfect. But sometimes the best practice is not>